就在超人力霸王要丧命于宇宙怪兽贝姆拉的攻击之际，濒死的痛苦让早田进发挥强烈的求生意志，因此完成与超人力霸王最完美的结合，超人力霸王忍住剧痛而举起折断的双手，交叉两手射出无敌的斯派修姆光线击中怪兽贝姆拉，怪兽贝姆拉惨叫一声，轰然爆炸而死亡。
早田进回到「科学特搜队」继续值勤，开始展开与超人力霸王共同守护地球的任务。
看似和平的宇宙，却突然出现了一艘搭载20亿3000万巴尔坦星人的巨大战舰，邪恶的巴尔坦星人由于巴尔坦星寿命将近，得知地球适合居住之后，便搭乘宇宙战舰前来，准备佔领地球。
巴尔坦星人派出最强的战士、宇宙忍者降临地球，宇宙忍者的身高伸缩自如，可以缩小到一公釐，再长高到50公尺，体重则从1公克变化到5000公吨，外形类似螃蟹，不但具有隐形术及分身术，两隻如同大剪刀的钳手更发发射冻结光线限制对手的行动，破坏力强大，人类惊慌逃逸。
「科学特搜队」急忙出动战斗机，以飞弹及雷射光对抗宇宙忍者，但是宇宙忍者行踪飘忽，战斗机纷纷被牠击落，「科学特搜队」节节败退，早田进见情形不对，便以变身器化身超人力霸王。
超人力霸王肌肉健壮，动作敏捷，大战宇宙忍者，宇宙忍者虽然施展隐身术及分身术，均被超人力霸王的透视眼识破而失效，双方展开激烈战斗，宇宙忍者忽大忽小，超人力霸王陷入苦战。
超人力霸王一时不察，遭宇宙忍者的冻结光线击中，竟然无法动弹，宇宙忍者于是残忍地将超人利霸王的双脚一节一节地用钳子手夹断，然后再把超人力霸王的双手同样一段一段地折掉，又以钳子手戳破超人力霸王健美的胸膛与腹部，拉出超人力霸王的内脏，超人力霸王浑身鲜血直流，疼痛至极，却无力反击，只能苦苦硬撑。
可怜的早田进与超人力霸王的心灵及身躯相连，自然也承受着巨大的折磨而苦不堪言，惨叫到喉咙都哑掉了。
宇宙忍者玩腻了，便用钳子手掐住超人力霸王的脖子，打算捏断超人力霸王的头部，雪上加霜的是，超人力霸王变身的十分鐘时限即将到来，濒死的超人力霸王要如何挽救颓势，击败宇宙忍者，保卫地球呢？
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